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>>Diagnostic d’une infection respiratoire / pulmonaire

10 août 2015
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INTRODUCTION

Cette fiche exclue les infections tuberculeuses.

L’association fièvre & infiltrât pulmonaire ou bronchite n’a pas toujours une cause infectieuse. On citera au moins, comme étant parfois ou souvent fébrile :
-  inhalation de toxiques chimiques (dont liquide gastrique),
-  poumon radique,
-  embolies pulmonaires,
-  hémorragies pulmonaires,
-  contusions pulmonaires,
-  réactions allergiques,
-  vascularite.

Atélectasies (par obstructions bronchiques diverses) et tumeurs sont apyrétiques en l’absence de sur-infections.

Les diagnostics différentiels aux pneumopathies primitives à "germes banals" les plus fréquents sont :
- tuberculose, 1er Diagnostic à éliminer sous les tropiques,
- pneumopathies obstructives surinfectées sur cancer bronchique ou par corps étranger chez l’enfant,
- surinfections de dilatations des bronches (DDB) ou de séquelles de lésions pulmonaires diverses,
- pneumopathies d’inhalation (reflux gastro-œsophagien, fausses-routes...),
- infarctus pulmonaire par embolie pulmonaire.

De nombreuses pneumopathies ou bronchites infectieuses sont virales (environ 70 % des infections respiratoires).

GENERALITES

Cette fiche se limite aux infections bactériennes par "germes conventionnels", donc exclue les mycobactéries. Cependant, ne pas oublier : tout crachat peu provenir d’un patient tuberculeux ignoré. Donc : ne jamais manipuler les sécrétions bronchiques sans précautions : pipettes Pasteur cotonnées stériles équipées d’une poire, ou pipettes en plastique à usage unique sous emballage unitaire stérile. On peut aussi utiliser des oeses en plastique à usage unique et, en tout cas, ne jamais flamber les oeses sans suivre scrupuleusement le protocole correspondant. Port d’un masque et de lunettes. Gants si lésions des mains. Se laver les mains après les manipulations.

Le schéma présenté ici est très général : il concerne les prélèvements bronchiques et pulmonaires. Il s’agit le plus souvent d’expectorations, mais le schéma est applicable aux aspirations endo-trachéales ou aux liquides de lavage broncho-alvéolaire (LBA)...

PRELEVEMENT DE CRACHATS

La techniques de prélèvement et de traitement du prélèvement est décrite dans Crachat / expectoration.

PREPARATION DES LAMES POUR EXAMEN MICROSCOPIQUE

La technique de préparation des lames est précisée dans Etalement de crachats.

BACTERIES ATTENDUS (Pneumopathies & bronchites) [1]

Les plus fréquentes :
-  Streptococcus pneumoniae : cocci légèrement allongés ou lancéolés, Gram +, groupés par deux ou en courtes chainettes,
-  Haemophilus influenzae (surtout après grippe) : bacilles Gram négatif, assez maigres,
-  Moraxella (Branamella) catarrhalis : courts bacilles Gram négatifs,
-  Mycoplasma : non visibles au microscope,
-  Staphylococcus aureus (surtout après grippe et nosocomial) : cocco Gram +, de taille mayenne, groupés en petits amas,
-  bactéries Gram négatif (surinfections du bronchitique chronique et nosocomial),
-  Chlamydia pneumoniae (enfants) : non visibles au microscope.

Beaucoup plus rares :
-  Legionella pneumophila (au moins pour les formes grave impliquant une recherche étiologique. Peut-être assez fréquente dans les formes bénignes),
-  anaérobies (alcoolique grave, inhalations, mauvais état dentaire),
-  Chlamydia psittaci,
-  Bordetella pertussis,
-  tuberculose (hors du domaine de cette fiche).

Exceptionnelles ou rarissimes :
-  Coxiella burnetii (non cultivable par les techniques classiques),
-  Bacillus anthracis,
-  Francisella tularensis,
-  Yersinia pestis.

On peut y ajouter les principales étiologies virales, fongiques et parasitaires (hors du domaine de cette fiche) :
-  virus Influenza, rhinovirus, coronavirus, virus respiratoire syncytiale, adénovirus, virus varicello-zonateux, virus herpès simplex et cytomégalovirus (sujets immuno-déficients), hantavirus, virus coxsachie, virus rougeoleux, virus parainfluenzae.
-  Histoplasma capsulatum, Cryptococcus neoformans, Candida, Aspergillus, Zygomycetes,
- Pneumocystis jirovecii dans le cadre du VIH,
- Paragonimus westermani pour la paragonimose d’extrème-orient.

TECHNIQUES BACTERIOLOGIQUES

Transport (uniquement pour mise en culture)

Le délai de transport doit être inférieur à 1 h.
Il n’y a pas de milieu de transport dont l’efficacité ait été démontrée pour l’ensemble des bactéries pouvant être responsables d’infections respiratoire.

Examen microscopique

Examen entre lame et lamelle.

L’examiner immédiatement.
- Soit l’examen entre lame et lamelle montre que l’échantillon est satisfaisant : nombreux polynucléaires et/ou macrophages et/ou cellules bronchiques mais rares cellules épithéliales : faire alors glisser délicatement la lamelle dans le pot à déchets et la sécher à environ 50° C (éventuellement la fixer à l’alcool). On la colorera au Gram. Préparer un second frottis sur lame pour la coloration au bleu de méthylène (BM) (ou autre coloration cytologique comme le Giemsa mais le BM suffit).
- Soit le prélèvement est, à l’inverse, riche en cellules épithéliales buccales et pauvre en polynucléaires et/ou macrophages et/ou cellules bronchiques. Il est de mauvaise qualité et on doit refaire :

  • soit la particule de pus a été mal sélectionnée (cf : Etalement de crachat) : faire une nouvelle préparation de particule purulente
  • soit le prélèvement est salivaire : demander un nouveau prélèvement et, impérativement, arrêter l’examen : tous les résultats qu’on pourrait déduire d’un tel prélèvement seraient inexacts et ne pourraient qu’induire le clinicien en erreur au lieu de lui rendre service. C’est une faute professionnelle (sanctionnable) que de donner un résultat à partir d’un prélèvement mal fait. C’est une faute (sanctionnable) de ne pas avoir contrôlé microscopiquement la qualité du prélèvement.

NB : s’il y a possibilité de culture, les colorations ne seront effectuées qu’après mise en culture du prélèvement pour que le délais entre prélèvement et mise en culture soit le plus bref possible.

Les deux lames seront conservées au moins jusqu’au lendemain du jour du rendu des résultats (pour contrôles éventuels ou discussion avec le clinicien).

Après coloration au Bleu de méthylène

Cette coloration conservant bien la morphologie cellulaire, on y observera la réaction tissulaire (cellules épithéliales, polynucléaires et lymphocytes, autres cellules (ciliées, caliciformes, à mucus...), hématies... sur une dizaine de champs. Noter les résultats de façon semi-quantitative sur les fiches de résultat (+, ++, +++).
On notera également les morphologies bactériennes très visibles au bleu.

Après coloration de Gram

Observer la flore globale et décrire les différentes morphologies microbiennes observées dans au moins cinq champs avec leurs abondances relatives.
Bien rechercher, en particulier, les pneumocoques (diplocoques Gram +, un peu (rarement franchement) allongés ou en flammes de bougie accolées par leurs faces arrondies) qui peuvent être rares mais souvent groupés en petit paquets de quelques dizaines, les Haemophilus (nombreux petits bacilles Gram -), les staphylocoques (amas de billes violettes avec quelques unes roses (cadavres de staphylocoques)).

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Amas de pneumocoques dans des crachats. Image Y. Gille.

Si la pneumopathie est bactérienne, le prélèvement bien fait et la préparation de la lame habile, le germe pathogène domine généralement très nettement. Le diagnostic étiologique est alors souvent évident.

Si, malgré un prélèvement de qualité et une bonne préparation et examen de lame et si le prélèvement est évidemment bien bronchique (nombreux polynucléaires et/ou macrophages et/ou cellules bronchiques mais rares cellules épithéliales), mais qu’aucun germe habituellement pathogène n’a été repéré en quantité appréciable, la pathologie respiratoire est probablement viral.
On rendra donc : "pas de bactéries pathogènes repérées : possibilité de virose".

Mise en culture, identification, antibiogramme

Mise en culture

Elle est traitée dans la fiche Sécrétions bronchiques, expectorations de la rubrique "Mises en culture".


notes

[1Fein A. et al, Diagnosis and management of pneumonia and respiratoty infections. 1° Edition. Professional Communication Inc. Provided as an education service by Bayer.

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